Doctor en Economía por la Universidad de Harvard (HU), es el responsable del Programa de Ciencias del Comportamiento del Instituto de Santa Fe. Sus estudios en los campos de la evolución cultural y genética han desafiado la asunción económica convencional según la cual las personas están totalmente motivadas por un interés propio. En artículos recientes ha investigado cómo se podrían gobernar mejor las organizaciones, comunidades y naciones bajo la concepción que las motivadas altruistas y éticas son comunes en la mayoría de poblaciones. 

Bowles ha realizado estudios teóricos y empíricos sobre la jerarquía política y desigualdad de la riqueza, así como su evolución a largo plazo. Con el proyecto CORE ha proporcionado una nueva visión en la introducción a la economía. Su libro más reciente es The Moral Economy: Why good incentives are no substitute for good citizens (2016).