Profesor de Investigación ICREA, director del Departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS) y director del Instituto Nacional de Bioinformática (INB-ELIXIR). 

Su interés investigador es el desarrollo de métodos de biología computacional y su aplicación en problemas biomédicos. Algunos métodos computacionales que ha desarrollado se consideran trabajos pioneros en áreas como la minería de textos en biología, la coevolución de proteínas y, más recientemente, las redes epigenéticas y de enfermedades. 

Participa en algunos de los principales consorcios internacionales relacionados con el cáncer y, en cuanto a servicios comunitarios, es uno de los promotores pioneros de la infraestructura ELIXIR, fundador de la Red Española de Bioinformática, miembro fundador y expresidente de la International Society for Computational Biology (ISCB) y redactor de la principal revista del campo, Bioinformatics.